Urmas Petti, koguduse õpetaja, teoloogiadoktor Alates ülikooli taasasutamisest 1802 peeti plaani luua kõrgema õppeasutuse juurde ka kogudus, mis võtaks enese hoolde üliõpilaste usulise harimise. Ülikooli arhitekt
Krause koostas isegi projekti, mille kohaselt Toomkiriku varemeist pidi üks osa ehitatama kirikuks. Rahapuudusel ei saanud aga neist plaanidest kaua aega asja. Alles 25. märtsil 1847 peeti Tartus professor
Theodosius Harnacki poolt esimene akadeemiline jumalateenistus. Kogudus asutati 2. detsembril 1855, jumalateenistusi peeti alul Tartu Jaani ja Maarja kirikuis ning ülikooli raamatukogus. Oma kirik ülikooli peahoone taga pühitseti 12. veebruaril 1860. Nii nagu ülikool, oli ka kogudus toona loomulikult saksakeelne.
1919. aastal loodi eestikeelne ülikool ning 6. veebruaril 1921 peeti ka esimene ülikooli koguduse eestikeelne jumalateenistus. Nüüdsest jagunes kogudus kaheks rahvuslikuks pihtkonnaks, millest eestikeelne allus otse EELK piiskopile ning saksakeelne kuulus saksa praostkonda. Esimeseks eesti pihtkonna õpetajaks oli professor
Hugo Bernhard Rahamägi, kellele järgnesid samuti hiljem piiskopiks valitud
Johan Kõpp ja
Jaak Taul.
12. märtsil 1948 koostas Tartu linna täitevkomitee komisjon akti, millega „Ev. Luteriusu „Tartu Ülikooli“ nimeline usuühing“ likvideeriti. Ülikooli kiriku altar, kantsel, pingid, lühtrid, kell ja muid asju anti üle Põltsamaa kogudusele, armulauariistad võttis hoiule Tartu Maarja kogudus.
9. aprillil 1995 introdutseeris EELK peapiiskop
Jaan Kiivit toonase Toronto Peetri koguduse õpetaja, praeguse E.E.L.K. peapiiskopi
Andres Tauli Tartu ülikooli esimeseks kaplaniks. Kaplan Andres Taul hakkas pidama regulaarseid jumalateenistusi Tartu ülikooli ajaloomuuseumi rõdusaalis. Kaplani soov oli taastada Tartu ülikooli kogudus, mis saigi teoks 1. oktoobril 1995, kui peeti samas Tartu ülikooli ajaloomuuseumi rõdusaalis Andres Tauli ja praost
Joel Luhametsa juhtimisel koosolek, millel otsustati TÜ kogudus taastada ning paluda konsistooriumil see vastu võtta EELKsse. Konsistooriumi vastav otsus tehti 6. novembril 2005 ning Eesti Vabariigi siseministeeriumi usuasjade talituses registreeriti ühendus 22. aprillil 1996.
Taastamiskoosoleku protokollil seisab 44 nime, suuremas osas toonased usuteaduskonna üliõpilased ja õppejõud, aga ka mõned inimesed, kes kuulusid kogudusse juba enne II maailmasõda. 25. oktoobril andsid õpetajad
Kalle Mesila ja
Villu Jürjo Tartu Peetri ja Maarja koguduste esindajatena pidulikult tagasi TÜ koguduse armulauariistad. Esimesel tegutsemisaastal kasutati külalisõpetajate — Andres Taul,
Heino Nurk ja
Naatan Haamer — abi. Jumalateenistusi saatis klaveril algul
Aaro Tetsmann, hiljem
Anneli Vilbaste. 1996. aastal valiti korraliseks õpetajaks usuteaduskonna sõjajärgse esimese lennu vilistlane
Allan Taruste. Toronto elaniku
Arnold Rae testamendist osteti järgnevatele Tartu ülikooli koguduse õpetajatele Tartusse korter kpl. Andres Tauli vahendusel. Peale õp. Taruste lahkumist Austraaliasse 1999 jätkas koguduse teenimist
Urmas Petti. 2001. aastal ühendati TÜ kogudus samuti vahepeal taastatud Tartu Jaani kogudusega ning uueks nimeks sai Ülikooli-Jaani kogudus.
Esialgu kasutas kogudus talvisel ajal jumalateenistusteks TÜ ajaloomuuseumi rõdusaali ja suviti Jaani kiriku varemeid. 2003. aastal koliti aga lõplikult Jaani kirikusse, toona veel ehitusplatsile. Kiriku pidulik avamine toimus 29. juunil 2005.
Kui esialgu koosnes kogudus peamiselt üliõpilastest, siis nüüdseks on see muutunud üsna harjumuspäraseks linnakoguduseks, mis oma ajaloo ning geograafilise läheduse tõttu seisab Tartu ülikooli ja selle usuteaduskonnaga erilistes suhetes. Neljakümnest taasasutajast on vahepeal saanud pea viiesaja liikmega kogudus, mis kasvab 10—15% aastas.
